収益物件(投資不動産)を売却する際にかかる税金とは?

収益物件の売却時には、譲渡所得税(所有期間により異なる)、登録免許税(抵当権抹消登記)、印紙税(売買契約書に貼付)が課税されます。消費税は建物にかかり、土地は非課税です。
税金軽減策として特例や青色申告、印紙税の節約(電子契約や契約書一通化)があります。売却後、翌年3月15日までに確定申告が必要です。
目次
収益物件を売却する際にかかる税金

収益物件とは、家賃収入を得るための賃貸物件のことです。例えば、アパート、マンション、貸し店舗、戸建て賃貸、テナントビルなどが収益物件に該当します。収益物件売却では、譲渡所得税、登録免許税、印紙税などが課税されます。
◇譲渡所得税

不動産を譲渡した際に得た、売却益に対して課される税金のことです。利益が出たときに課税されるため、利益が出なければ譲渡所得税は課税されません。譲渡所得税は所得税と住民税の合算ですが、現在はこれに加えて復興特別税も課されます。
譲渡所得税額は、以下の計算式で算出します。
課税長期譲渡所得金額=譲渡価額-(取得費+譲渡費用)
譲渡所得税額=課税長期譲渡所得金額×譲渡所得税率
※収益物件は購入費用を取得費として計上できないため、減価償却費の算出も必要です。
譲渡所得税の税率は、不動産の所有期間によって異なるため注意が必要です。所有期間が5年以下の場合は「短期譲渡所得」、5年を超える場合は「長期譲渡所得」となり、税率は長期譲渡所得のほうが低くなります。譲渡所得税を支払うためには、確定申告が必要です。
・所得税
個人の所得に課税される税金です。確定申告の期限までに納税します。
・住民税その地域に住む人々が、地域社会の費用を分担するために課される税金です。支払期限は地域によって異なります。
・復興特別所得税
東日本大震災からの復興のために必要な財源の確保を目的とし、徴収される税金です。2037年(令和19年)まで、所得税額に対して課されます。
◇登録免許税

登録免許税とは、不動産や会社の登記や登録を行う際にかかる税金です。売買や相続による所有権の移転、所有権の保存、抵当権の設定、配偶者居住権の設定など申請時に必要となります。
不動産投資ローンが残っている収益物件を売却する際は、自己資金もしくは売却代金でローンを完済します。ローンを完済したら、抵当権を抹消する手続きを行います。この手続きが、抵当権抹消登記です。
不動産売買時の登記や登録で発生する登録免許税は次の通りです。
内容 | 課税標準 | 税率 | 軽減税率 |
土地売買における所有権の移転登記 | 不動産の価額 | 1,000分の20 | 令和8年3月31日までの間に登記を受ける場合1,000分の15 |
建物売買または競売による所有権の移転 | 不動産の価額 | 1,000分の20 | |
建物所有権の保存 | 不動産の価額 | 1,000分の4 | |
抵当権(又は根抵当権)の設定の登記 | 債権金額(1,000円未満の場合は、1,000円) | 1000 分の 4 |
抵当権の設定の登記は課税標準額に税率を乗じて算出しますが、ローンを完済した場合は債権金額がなくなるため、登録免許税は1,000円となります。抵当権抹消登記は自分で行うことも可能ですが、司法書士に依頼するのが一般的です。
引用元:国税庁 登録免許税の税額表
◇印紙税

不動産の売買契約書を作成する際に発生する税金です。印紙税は、売買契約書に収入印紙を貼って納付します。税額は、売買契約書に記載された売買代金によって決まります。
なお、令和9年3月31日までは、不動産売買契約書の印紙税の軽減措置を受けられます。軽減措置の対象となる契約書は、平成26年4月1日から令和9年3月31日までに作成された、不動産の譲渡に関する金額10万円超の契約書とその変更・補充契約書です。
契約金額 | 本則税率 | 軽減税率 |
10万円を超え 50万円以下のもの | 400円 | 200円 |
50万円を超え 100万円以下のもの | 1千円 | 500円 |
100万円を超え 500万円以下のもの | 2千円 | 1千円 |
500万円を超え1千万円以下のもの | 1万円 | 5千円 |
1千万円を超え5千万円以下のもの | 2万円 | 1万円 |
5千万円を超え 1億円以下のもの | 6万円 | 3万円 |
1億円を超え 5億円以下のもの | 10万円 | 6万円 |
5億円を超え 10億円以下のもの | 20万円 | 16万円 |
10億円を超え 50億円以下のもの | 40万円 | 32万円 |
50億円を超えるもの | 60万円 | 48万円 |
◇消費税

商品やサービスの取引に課税される税金です。収益物件売却においては、仲介手数料、司法書士への報酬などに課税され、サービスの対価を支払うタイミングで発生します。
また、収益物件は家賃収入を目的としているため、建物にも消費税がかかります。土地は消費するものではないため、非課税です。
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画像引用元:フォトAC
不動産は高額なため、収益物件の売却時に多額の税金が課税されることも少なくありません。それらの税金は、特例や青色申告を活用したり、売買契約書を1通にしたりすることで減らせます。
◇特例を利用する
最も大きな支出となる譲渡所得税額の軽減に有効なのが特例の活用です。譲渡所得税が免除される特例はありませんが、買い替えの特例を活用すれば、売却益にかかる税金の支払いを軽減、あるいは繰り延べが可能です。
1,000万円特別控除

平成21年・22年に取得した国内の土地等を一定の時期以降に売却した場合、譲渡所得から最大1,000万円を控除できる制度です。正式には「平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡したときの1,000万円の特別控除」という名称です。
短期売却では適用されませんが、未利用の土地にも使えるため、用途に制限が少ない点が特徴です。条件を満たせば、課税額を大幅に軽減できます。
1,000万円特別控除を受けるための要件は次の通りです。
・土地等の取得時期が、平成21年1月1日から平成22年12月31日までの間である
・平成21年に取得した土地等は平成27年以降に売却、平成22年に取得した土地等は平成28年以降に売却している
・土地等は、親子や夫婦など特別な関係にある者から取得したものでない
・相続・遺贈・贈与・交換・代物弁済・所有権移転外リース取引による取得ではない
・譲渡した土地等について、「収用等の場合の特別控除」や「事業用の資産を買い換えたときの特例」など、他の譲渡所得の特例を適用していない
「事業用の資産を買い換えたときの特例」については、次の項で解説します。
引用元:国税庁 平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡したときの1,000万円の特別控除
事業用の資産を買い換えたときの特例

不動産の買換え特例とは、土地や建物を売却してから一定期間内に新たな不動産を購入した場合に、譲渡益にかかる税金の支払いを将来に繰り延べることができる制度です。主な目的は、買換え時の税負担を軽減し、不動産取引の活性化を図ることにあります。
特に事業用の不動産に適用される場合には、譲渡所得税の70~80%を繰り延べられるため、売却益を多く手元に残すことができる、税金をすぐに支払う必要がない分、資金を有効に活用しやすくなるといった点が魅力です。
不動産が事業用資産に該当するかどうかは、使用状況や貸付けの規模によって判断されます。
まず、自ら建物を建てて商売を行っている場合や、事務所として使用している土地・建物は、「自己の事業の用に供している」と見なされ、事業用資産として扱われます。
また、不動産の貸付けについては、その規模に応じて「事業」または「業務」に分類されます。一般的な目安としては、「5棟10室基準」があり、独立した貸家が5棟以上、またはアパートなどで10室以上ある場合には、事業的規模とされ、事業用資産として認められます。
一方、この基準に満たない小規模な貸付けについては「業務」に区分されますが、「相応の賃料収入がある」かつ「継続して貸付けを行っている」という2つの条件を満たしている場合には「事業に準ずるもの」として特例の対象になる可能性があります。
買い替えの特例を適用するためには、売却時と新しい物件の購入時に必要要件を満たす必要があるため、事前に確認が必要です。具体的な要件は、所有期間が10年を超えている、令和8年3月31日までに譲渡する、300㎡以上の買換資産を購入するなどです。
引用元:国税庁 事業用の資産を買い換えたときの特例、および事業用の資産の範囲
相続税の取得費加算の特例

相続した収益物件を売却する際には、取得費加算の特例を活用できます。これは、相続により取得した土地や建物、株式などを売却した際に、その譲渡所得を計算する際の「取得費」に、支払った相続税の一部を加算できる制度です。
不動産などの資産を売却して利益(譲渡所得)が出た場合には、確定申告を行い、所得税や住民税を納める必要があります。通常、譲渡所得は売却額から取得費や譲渡費用を差し引いて算出しますが、取得費加算の特例を使うことで、相続時に支払った相続税のうち一定額を取得費に加えることが可能となります。
これにより、譲渡所得の金額が抑えられ、結果として納税額を軽減できるというメリットがあります。
相続税の取得費加算の特例を受けるための要件は次の通りです。
・相続または遺贈により財産を取得していること
・取得した人に対して相続税が課されていること
・相続開始日から3年10ヶ月以内にその財産を売却していること
取得費に加算する相続税額は、次の計算で行います。
相続税額×譲渡した財産の相続税評価額÷(取得財産の価額+相続時精算課税制度適用財産の価額+暦年課税7年以内贈与財産)
引用元:国税庁 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例
◇5年以上所有してから売却する

不動産を売却する際、所有期間が5年を超えていると譲渡所得にかかる税率が大きく下がります。5年以下の場合は「短期譲渡所得」となり約39%の高い税率が適用されますが、5年を超えると「長期譲渡所得」となり税率は約20%に軽減されます。
それぞれの税率は次の通りです。
区分 | 所得税 | 住民税 |
長期譲渡所得 | 15% | 5% |
短期譲渡所得 | 30% | 9% |
なお、この所有期間は「売却した年の1月1日時点」で判定されるため、カレンダー上で5年以上経過していても、基準日を間違えないよう注意が必要です。急いで売却する必要がなければ、5年を超えてからの売却を検討することで税負担を抑えられます。
引用元:国税庁 土地や建物を売ったとき
◇青色申告を行う

確定申告には、白色申告と青色申告の2種類があり、青色申告を選ぶとより多くの税金控除を受けられます。白色申告の基礎控除は一律38万円(所得2,400万円以下では48万円)ですが、青色申告では最大65万円まで控除を受けることが可能です。家族で事業を行っている場合は、家族に支払った給料を経費として計上できるため、さらに税金を減らせます。
ただし、青色申告は手続きが少し複雑で、要件も白色申告より厳しいのがデメリットです。税金対策として青色申告を検討している場合は、必要に応じて専門家のアドバイスを受けることをおすすめします。
◇印紙税を節約する

2022年以降、不動産の売買においても電子契約が可能になりました。印紙税は、あくまでも紙の文書に課される税金であるため、電子契約を利用すれば紙の契約書が不要になり、印紙税が発生しなくなります。
また、契約書は売主と買主がそれぞれ1通ずつ保持するのが一般的ですが、法的に2通作る必要はありません。契約書を1通だけ正式に作成し、もう1通はそのコピーを使用すれば、印紙税を1通分だけに抑えられます。
特に、マンションやテナントビルなどの売却時には、印紙税だけでもかなりの節約ができます。
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収益物件を売却する際の注意点

収益物件の売却では、税金対策やオーバーローン時の対応が必要です。実績豊富な不動産会社に相談し、適切に進めることが重要です。
◇売却後は確定申告が必要

収益物件の売却に伴う譲渡所得税は、他の所得とは区分して課される分離課税です。不動産の譲渡による損益は、一定の場合を除き、他の所得と相殺はできません。給与所得者であっても、収益物件を売却して売却益が生じた場合は、会社の年末調整とは別に確定申告を行う必要があります。
確定申告は、収益物件を売却した翌年の3月15日までに確定申告に行います。売却益が出なかった場合は、確定申告は不要ですが、確定申告を行えば、譲渡の年の翌年以後3年内に繰り越して控除が可能です。
そのため、不動産を売却した際には、売却益があってもなくても、必ず確定申告を行うことをおすすめします。
◇オーバーローンの場合はすぐに売却できない

売却価格がローン残債を下回る場合、売却代金だけではローンを完済できず、差額分の返済が必要になります。これを「オーバーローン」と呼びます。
たとえば、ローン残高が1,300万円で売却価格が1,000万円だった場合、差額の300万円を自己資金などで一括返済しなければなりません。不足分は分割返済できず、抵当権を抹消するために一括で用意する必要があります。
もし手元資金が足りない場合は、多目的ローンや無担保ローンなどを利用して補う方法もありますが、事前審査や金融機関ごとの手続きが必要です。
売却後もローンが残る場合、返済と利息の負担が続くため、事前に残債や売却のタイミングをしっかり検討することが大切です。不足分を用意できない場合は、月々の返済でローン残高が減るのを待ち、売却価格と残債が同じになるタイミングを見計らうのも一つの方法です。
◇減価償却が終了してから売却する

減価償却とは、不動産の資産価値が年々減っていく分を経費として計上できる仕組みで、不動産投資における経費の中でも大きな割合を占めます。
建物の構造によって法定耐用年数が異なり、木造住宅は22年、鉄筋コンクリート造や鉄骨鉄筋コンクリート造は47年と定められています。たとえば、築10年の木造アパートを購入した場合、残り12年で減価償却費を計上できます。
減価償却費は償却期間が短いほど年間の経費計上額が大きくなり、節税効果も高まります。所得税や住民税は「総収入-経費(減価償却費含む)」で計算されるため、償却期間が終了すると経費が減り、課税所得が増えて税負担も大きくなります。
このように、減価償却費が計上できる期間や残り年数を意識して売却タイミングを考えることで、節税効果や手取り額に大きな差が生まれます。
◇収益物件売買の実績が豊富な不動産会社へ相談する

収益不動産は、分譲マンションや戸建て住宅などの実需物件に比べて、購入希望者が投資家などに限られるため、売却までに時間がかかる傾向があります。そのため、スムーズに売却したい場合は、収益物件の売却実績が豊富な不動産仲介会社に依頼することが重要です。
投資家とのネットワークを持つ会社であれば、複数の購入希望者に迅速にアプローチできるため、売却期間が短縮できるうえ、投資家同士の競争によって高値での売却も期待できます。
また、仲介による売却だけでなく、不動産会社による直接買取も選択肢の一つです。不動産会社が直接買い取る場合は、短期間で現金化でき、値下げ交渉もなく査定額がそのまま売却価格になるため、オーバーローンかどうかの判断もすぐに可能です。
物件や状況に応じて、仲介と買取の両方を検討し、実績と信頼のある会社に相談することが、収益不動産を有利に売却するポイントです。
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収益物件の売却でおすすめの不動産会社3選
収益物件の売却を成功させるためには、実績や専門性、サポート体制に優れた不動産会社を選ぶことが重要です。特に、収益物件や投資用不動産の売却では、一般的な住宅とは異なる知識やノウハウが求められます。信頼できる会社を選べば、適正な価格査定やスムーズな売却手続き、利益の最大化も期待できます。
◇スペースエンタープライズ株式会社

スペースエンタープライズ株式会社は、札幌市・江別市を中心とした地域密着型の不動産会社で、「どこよりも高い不動産買取」を強みとしています。豊富な実績と独自のノウハウを活かし、納得のいく査定金額と確実な買取を提案。仲介による売却が難しい物件にも柔軟に対応し、物件や土地の価値を最大限に引き出す提案力が特徴です。
同社では「自社買取」と「売却仲介」の2つの査定方法を用意し、売却期間や条件、金額などお客様のニーズに合わせた最適な方法を選択できます。特に自社買取は最短7日で契約が可能で、スピーディーな対応が魅力です。査定にあたっては建物の築年数や内外装の状態、周辺環境など多角的に評価し、物件や土地の潜在価値を最大限にアピールします。
会社名 | スペースエンタープライズ株式会社 札幌支店 |
所在地 | 〒060-0032 北海道札幌市中央区北2条東13-26-45 |
電話番号 | 011-522-9540 |
公式ホームページ | https://space-enterprise.jp/ |
また、購入希望者には専門家による調査や瑕疵保険の有無など、安心して取引できる環境を整備。投資用不動産の出口戦略の提案も得意とし、売主・買主双方にとって満足度の高い取引をサポートします。
スペースエンタープライズ株式会社について詳しく知りたい方はこちらも併せてご覧ください。
▼利益最大化とスピード現金化を実現!収益物件売買におけるスペースエンタープライズの秘策
さらに詳しい情報は公式ホームページでも確認できます。ぜひチェックしてみてください。
◇株式会社アクティベイト

株式会社アクティベイトは、札幌市・江別市・北広島市・千歳市・恵庭市を中心とした地域密着型の不動産買取会社です。同社の特長は、幅広い物件に対応した「即時現金買取」と「買取保証サービス」にあります。
他社で断られた物件や空き家、相続物件、借地、アパート、駐車場など、さまざまな不動産を最短3日で現金化できるスピード対応が強みです。自社で資金を常に保持し、エリアを限定することでコストを抑え、高価買取を実現しています。
また、売却額を重視したい方には、一定期間内に売却できなかった場合でも事前に約束した価格でアクティベイトが買い取る「買取保証サービス」を提供しています。
会社名 | 株式会社アクティベイト |
所在地 | 〒065-0020 北海道札幌市東区北二十条東18-3-11 |
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公式ホームページ | https://activat.jp/ |
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◇サンセイランディック 札幌支店

サンセイランディック 札幌支店は、底地(貸宅地)、借地権、古アパート(居抜き)など、権利関係が複雑で他社が取り扱いを敬遠しがちな不動産に特化した、東証上場の専門会社です。
30年以上にわたる豊富な経験と実績を持ち、全国で底地4,300件超、居抜き600件超の権利調整実績を誇ります。年間査定件数は2,300件を超え、底地管理も880件以上と、業界トップクラスの実績があります。
同社の大きな特長は、現況のまま買取が可能である点です。入居者がいる古アパートや、老朽化したマンション・ビルなども、建物の種類や規模を問わず対応します。
会社名 | サンセイランディック 札幌支店 |
所在地 | 〒060-0003 北海道札幌市中央区北3条西2-2-1 |
電話番号 | 011-261-3960 |
公式ホームページ | https://www.sansei-l.co.jp/service/shop_office/sapporo_office/ |
売却希望者が多く悩む「入居者対応」や「明渡交渉」についても、強引な手法を取らず、30年以上のノウハウを活かした誠実・丁寧な交渉・調整力でトラブルを未然に防ぎます。
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収益物件の売却時には、譲渡所得税、登録免許税、印紙税などが課税されます。譲渡所得税は、売却益に基づき、所有期間によって税率が異なります(短期と長期で違う)。
登録免許税は抵当権抹消登記にかかり、印紙税は売買契約書に貼付する必要があります。消費税は仲介手数料や司法書士報酬に課税され、建物には消費税がかかりますが、土地は非課税です。
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